2025年1月9日のバージョンアップにて、新たな上位ミッションバトルフィールド「★勾玉の輝き」が追加。このBFは『ヴァナ・ディールの星唄』ミッションと同様に、醴泉島の最奥にある醴泉島の祠で挑める。

2025年2月12日のバージョンアップにて、「ビシージ」に行軍レベル10が追加。襲来するモンスターはコンテンツレベル104相当となり、これにともなって行軍レベル10のビシージ終了後の報酬にエクゼンプラーポイントが追加された。

2025年2月12日のバージョンアップにて、マクロが正常に作動するかのテストが可能な、“Macro Test”という名前のNPC（カーディアン）がバタリア丘陵、ロランベリー耕地、ソロムグ原野に配置された。また、2025年4月3日のバージョンアップでは、“Macro Test”に敵対心を発生させると、TPが1000になるなどのステータス変化がプレイヤーに付与されるようになった。

2025年2月14日から2月28日まで、第4回「ヴァナ・バウト」が開催。チャレンジは成功し、全体報酬として2025年3月11日からの月替わりキャンペーンに「エクゼンプラーポイントアップキャンペーン」が追加され、3月のバージョンアップから9月までフェイス“マツイP”の復刻実装が行われた。

2025年4月1日、エイプリルフール企画として「4月1日のバージョンアップが行われました！」という内容でバージョンアップ情報のパロディネタが掲載された。この企画自体は以前からあったものだが、2025年版は実際にゲーム内で実装されたものや、以後のバージョンアップを先取りしたネタが多く盛り込まれていた。なかでも、「Shamiントローブ」は人気を博し、以降も新イベントとして開催されている。

2025年5月12日のバージョンアップにて、「ビシージ」に行軍レベル11が追加。襲来するモンスターはコンテンツレベル109相当。また、新たな要素として“モラルゲージ”が追加。戦闘状況により増減する“モラルゲージ”が半分を超えたとき、五蛇将の周囲にいると特殊なステータス変化“蛇の鼓舞”が付与される。

2025年5月13日からのログインキャンペーンにて、「プリッシュブーツ」が報酬として登場。さらに期間限定イベントで手に入るプリッシュの雫石があればHQにすることも可能。期間限定イベントは、『ファイナルファンタジーXIV』に実装されたクロニクルクエスト「エコーズ オブ ヴァナ・ディール」に関連しており、第1弾「ジュノ：ザ・ファーストウォーク」に関連したエリアを巡ることでプリッシュの雫石が入手できた。

2025年5月16日から5月31日まで第5回「ヴァナ・バウト」が開催。チャレンジは成功し、全体報酬として2025年6月11日からの月替わりキャンペーンに「オデシー・ゴールを目指せキャンペーン-HQ」が追加。さらに、2025年6月のログインキャンペーンのラインナップに「模倣錬成窯II」の追加、「モグマスク」の入手手段の追加、7月に「ヴァナ・バウト」の特別回が実施されるなどの報酬があった。

2025年5月16日から6月9日までにログインした全プレイヤーに「クーポンW-MOGB」が配布された。「クーポンW-MOGB」はモグボナンザの1等で入手できる「モグボナンザウェポン」と交換できるアイテム。また、2025年5月16日から行われた「23周年記念ノマドモグボナンザ」では、「モグボナンザウェポン」を強化するための「モーグリの魔結晶」が新しく1等賞品にラインナップされた。

2025年5月19日、プレイヤーキャラクターの種族および外見を変更できる「キャラクター種族変更サービス」が有償サービスとしてリリースされた。

2025年6月10日のバージョンアップにて、「リンバス」が新たなバトルコンテンツとしてリニューアルされた。以前はエリアごとにひとつのパーティ（アライアンス）が占有して攻略する仕組みだったが、リニューアル後は非占有型のエリアとしていつでも誰でも侵入できるエリアとなった。リニューアルされた「リンバス」では、専用ポイントを使ってアーティファクトやレリック装束の強化が可能。なお、以降のアップデートにより、新たな装備の作成や強化要素も追加されている。

2025年6月17日以降、入手手段が限られていた過去のアイテムを再入手する仕組みが新たに導入。第1弾では2025年6月17日から7月15日のあいだ、「モグマスク」と「天真爛漫」が入手できた。これらのアイテムは、シーズナルイベントで入手できるアイテムといくつかのアイテムを、NPC“Curator Moogle”に渡すことで手に入る。

2025年7月10日のバージョンアップにて、月替わりのキャンペーンの一部内容が変更。飼育するモンスターの変異率が2倍になる「モンスター飼育キャンペーン」と、1日最大6回まで特定の装備品にアーケイン・グリプトを付与できる「ダークマター アーケイン・グリプトキャンペーン（NQ）」で実施されていた内容が、通常の仕様に変更された。

2025年7月18日から7月31日まで、第6回「ヴァナ・バウト」が開催。この回は第5回「ヴァナ・バウト」の目標150%達成を受けた特別回で、デイリー目標の数と内容、貢献値のバランス、全体報酬や個人報酬の目標値などが特別回用に調整された。チャレンジは成功し、全体報酬として2025年8月15日からの月替わりキャンペーンで「アンバスケードポイントアップキャンペーン」が追加。さらに「チキンナイフII」「セイブザクイーンII」「スタッフドチョコボ」をNPC”Curator Moogle”から交換できる手段が期間限定で追加された。

2025年7月29日、Asuraワールドでプレイヤー数の増加による予期しない不具合が発生していることから、Asuraワールドでの新規キャラクターの作成停止や、Asuraワールドへの「キャラクターワールド移転サービス」の「転入」利用停止、Asuraワールドを対象とした「冒険者紹介システム」の新規利用停止の措置が行われた。また、2025年10月9日には、Bahamutワールドにおいても同様の措置が実施された。

2025年8月12日のバージョンアップで、ビシージの行軍レベル12（コンテンツレベル114相当）が追加された。これにともない、五蛇将をはじめとする味方NPCの強さも調整された。さらにコリブリやダハク、アプカルなど、行軍レベル12以上で出現する新たなモンスターが各蛮族軍に追加された。

2025年9月10日のバージョンアップで、バトルコンテンツ「リンバス」のアップデート第二弾が実装された。一定期間ごとに強力なノートリアスモンスター（NM）が出現するようになったほか、NMの討伐数に比例した確率で宝箱から新アイテム「アスプロマター」「メランマター」が入手できるようになった。また各マターを使用して新たな装備を作成・強化できるようになった。

2025年9月10日のバージョンアップで、かばん拡張クエストのコンプリートに必要な素材の代替品である「ゴブリンシチュー880」が、常時購入できるようになった。販売場所はジュノ下層ジャンク屋マックビクスのNPC“Pawkrix”（H-10）で、価格は150,000ギル。

2025年9月19日より期間限定イベント「ジュノ大公はまたまた注目されたいようです」改め、「"本物"のジュノ大公も注目されたいようです」が開催。これまでは通年で1回のみだったが、「やみおーの日」改め「やみおーの日々」同様、3カ月連続での再演となった。また第2回では「デュークソード」、第3回では「デュークシールド」といった、実用的な2つの新装備がNPC”Curator Moogle”から交換できるアイテムに加わっている。

2025年10月9日のバージョンアップで、ワークスコールのコールチケットの発行時間が、従来の360分から180分に短縮された。あわせて「青銅スコップ勲章」など、所持しているだいじなものによって短縮される時間も調整。「黄金スコップ勲章」を所持している場合、最短で90分の発行となる。

2025年10月9日のバージョンアップで、上位ミッションバトルフィールド「★翼もつ女神」において、戦利品が マリグナス装束から包装【マリグナス】 に変更された。変更後は包装【マリグナス】を使用することで、マリグナス装束のいずれか1部位（未所持のもの）を入手できるようになっている。

2025年11月10日のバージョンアップで、バトルコンテンツ「デュナミス〜ダイバージェンス〜」に共有エリアが実装された。従来の占有エリアと異なる点として、ひとりからでも突入可能でWAVE2までの進行が可能。制限時間はエリア生成から60分となっている。また各共有エリアあわせて、地球時間1日につき1エリアのみ突入できる。

2025年11月10日のバージョンアップで、ログインキャンペーンのアップデートが実施。ログイン時に入手できるポイントの量が変更となり、1〜14回目は各50ポイント、15回目は500ポイント、16回目以降は各100ポイントとなった。また交換可能なアイテムもリニューアルされ、翌月に繰り越し可能なポイント量が1,500から700になった。

2025年11月10日のバージョンアップで、「A.M.A.N. トローブ」のアップデートが実施された。「A.M.A.N. トローブ」限定の新装備品をはじめとした、多数のアイテムが戦利品に追加。また、新たに「計り知れない大きな音」の宝箱が追加されるなど、多数の追加や変更が加えられた。

2025年11月18日から12月1日まで、第7回「ヴァナ・バウト」が開催された。今回からデイリー目標を任意でキャンセルできるようになり、開催中のシーズナルイベントや月替わりキャンペーンと連動した目標が追加されるなどのアップデートが行われている。また、この回の目玉として、好きなジョブのアーティファクトILv119+3一式と交換できる「クーポンA-AF+3」が個人報酬の銀賞に加わっている。

2025年12月10日のバージョンアップで、バトルコンテンツ「リンバス」のアップデート第三弾が実施。新エリアであるテメナス中央塔地下1階、アポリオンCNとともに、新たなノートリアスモンスター（NM）が追加された。各エリアに出現するNMは3つのグループに分かれ、とくに最終グループで出現するUltima Forerunner、Omega Forerunnerは非常に手強く、各ワールドで数時間にわたって激闘が繰り広げられた。さらに新NMを討伐することで宝箱から入手できる新アイテムにより、新装備の制作や強化が可能となった。

2025年12月10日のバージョンアップで、ゴブリンの不思議箱に新たなダイヤル「フェスティバルダイヤル」が追加された。シーズナルイベント期間中にイベントをこなすことで1日1回入手できる「ダイヤルキー#FES」で開けることが可能。また各種ダイヤルキーを複数個まとめてトレードした際、連続で宝箱を開けられるようになった。