2007年3月8日、アサルトに「ナイズル島踏査指令」が新登場。このアサルトは自動生成されるダンジョンで、ブロックごとに提示される作戦目標をクリアしていく内容。鎮魂武器と、アスカル装束、デナリ装束、ゴリアード装束を入手できた。
毎回入場のたびに内部が変化する、いわゆる「不思議なダンジョン」をテーマに立案されました。手に入る戦利品も未鑑定アイテムという、鑑定するまで確定しないユニークな仕組みですが、『ヴァナ・ディールの星唄』以降のアサルト入場制限の緩和やIL装備によるソロプレイが可能になった今でも、優秀な戦利品を求めて冒険者が絶えないコンテンツに育ちました。（ディレクター・藤戸洋司）
2007年3月8日のバージョンアップにて、シグネットにさまざまなボーナス効果が追加。ヒーリング時のHP回復量の上昇効果や、ヒーリング時にTPが減少しなくなる効果が加わった。さらに、オートアタック対象の敵（「同じくらいの強さ」以下）からの攻撃に対する防御力と回避率のボーナスや、少人数パーティにおける経験値のボーナスなどもあわせて追加されている。
2007年3月8日、スピードベルトや落人の篭手といったNMからの戦利品の一部が、印章BFの戦利品へと変更された。また該当するNMからは、同じ性能でEX/Rare属性を持つ装備（ベロシアスベルトや落武者の篭手など）が入手できるようになった。
2007年3月29日、チョコボ育成で育てた自分のチョコボを他のチョコボと競わせる「チョコボレース」が実装された。最初はNPCのチョコボと競うのみだったが、2007年8月にチョコボサーキットが実装され、他のプレイヤーの育てたチョコボとも競えるようになった。
2007年5月12～13日に幕張メッセで行われた「SQUARE ENIX PARTY 2007」で『ファイナルファンタジーXI』5周年記念イベントが開催。“宝のコイン”を入手すると、ピンバッジやインゲームアイテムが当たるランダムディールに挑戦できた。
2007年6月6日に追加された「エインヘリヤル」は、ハザルム試験場で挑戦する36人まで挑戦可能なバトルコンテンツ。第Iウイングから第IIIウイングまでクリアしていき、最終区画のヴァルグリンドではオーディンと戦った。
2007年6月6日、サンドリア、バストゥーク、ウィンダスの3国ミッションと、『ジラートの幻影』ミッション、『アトルガンの秘宝』ミッションにおいて、関連するBFで戦闘不能になった場合でも経験値が消失しないようになった（『プロマシアの呪縛』は3月8日に先行して変更済み）。また『プロマシアの呪縛』のストーリーに関連するBFを攻略するたびに、報酬として経験値やリミットポイントが1日1回取得できるようになった。
2007年6月21日、有料のワールド移転サービスが開始。それまでは募集があった際に特定のワールド間でしかキャラクターの移転ができなかったが、条件つきで任意のワールドに移転できるようになった。スクウェア・エニックス アカウント管理システムで申し込める。
2007年8月28日のバージョンアップにて、両手武器によるダメージが、ステータスによる補正を大きく受けるように変更。同時に、両手武器装備時のみサブウェポンスロットに装備できる新たな装備品群「グリップ」が追加された。なお両手武器については11月のバージョンアップなどでも再度調整が行われている。
2007年9月11日に実装されたパンクラティオンは、冒険者が魔獣マスターとなり、獣写器と封獣板を使って捕獲した魔獣を、アトルガン白門に隣接するコロセウム（闘獣場）で戦わせる対戦コンテンツ。時間ごとに試合に登録できる人数が限られていた。
2007年11月3日、梅田芸術劇場にて「アルタナ祭りin大阪」が開催。国内では初となるスクウェア・エニックス主催の『ファイナルファンタジーXI』単独イベントで、スペシャルトークセッションや、THE STAR ONIONSのライブなどが行われた。
2007年11月20日、これまで使われていた10セットのマクロが1ブックという単位になり、計20ブックまでマクロを登録できるようになった。これにより、ジョブ別にブックを設定するといったことが可能になった。
2007年11月22日、第4の拡張ディスク『アルタナの神兵』が発売された。新たなエキストラジョブとして踊り子と学者が追加。現在の20年前、水晶大戦中のヴァナ・ディールが舞台となっており、過去世界のエリア名は南サンドリア〔S〕のように、Shadowreign（影の統治）の頭文字〔S〕を付けて表記された。
『アトルガンの秘宝』では遠く離れた見知らぬ土地を舞台に新たな冒険、ストーリーを楽しんでいただいたわけですが、「さぁ次の拡張版はどうしようか？」と考えたときに、ストーリーにあまり興味のないプレイヤーでもさすがに知っているであろうクリスタル戦争に焦点をあてて、「本編で断片的に語られていた歴史の裏で、実際には何が起こっていたのかを知れるのは面白いんじゃないか？ しかも自身の体験として！」と思い、どうやって過去に行ける設定にしようか、など楽しく考えた覚えがあります。（ディレクター・小川公一）
2007年11月22日、カンパニエバトルとあわせて、所属軍から発行される小規模作戦「カンパニエops」が実装。地球時間で1日に1回発行されるチケットを使って、作戦を受領することができる。カンパニエopsには物資の補給やNPCの護衛などさまざまな作戦があり、経験値稼ぎの手段のひとつとしても活用された。
2007年11月22日以降『アルタナの神兵』のストーリーにおいて、冒険者は世界各地に突然現れた“禁断の口”を通じて、過去と現在を行き来しながら歴史に関わっていくことになる。過去世界では、現代に存在するNPCたちが20年前の姿で登場するのも特徴。なお冒険の舞台は過去世界に移ったが、パーティ募集やビシージへの参加のため、冒険者たちの拠点はアトルガン白門のままだった。
2007年11月22日以降、獣人血盟軍支配エリアでのカンパニエバトルで、拠点に出現するターゲットポイントのFortificationを攻撃し、モンスターと戦わずに経験値や連合軍戦績を稼ぐ行為が流行。壁殴りや壁パニエと呼ばれた。のちに調整され、現在は評価を稼ぎにくくなっている。
2007年11月22日以降は、過去世界でもレベル上げ狩り場が開拓されていった。なかでもレベル30台中盤ごろは東ロンフォール〔S〕コリブリ族が人気の獲物に。またブンカール浦〔S〕も狩り場となり、レベル20台後半は甲虫族や死鳥族、レベル50台中盤はクラブ族などを対象にレベル上げが行われた。
2007年11月22日以降、過去世界のジュノ周辺（バタリア丘陵〔S〕、ロランベリー耕地〔S〕、ソロムグ原野〔S〕）にマンドラゴラ族の新たな亜種としてリコポディウムが登場。頭に花が咲いているのが特徴のほか、従来のマンドラゴラ族と異なり夢想花を使用しないのが特徴。そのためレベル20付近からのレベル上げの獲物にもなった。
2007年11月22日以降、MPではなくTPを消費してHPを回復する新ジョブ・踊り子の能力が注目を集める。なかでも「ケアルワルツ（II）」や「ドレインサンバ（II）」などはサポートジョブを踊り子にした場合も使用できたため、ソロや少人数パーティにおける前衛のサポートジョブとして活用された。
2007年11月22日のバージョンアップにて、モグハウスにパーティメンバーおよびアライアンスメンバーを招待できるようになった。モグハウスメニューに追加された「モグハウス招待」を選択すると、その時点のパーティメンバーやアライアンスメンバー全員を自分のモグハウスに招待することができる。
