2009年4月7日にスクウェア・エニックス アカウントとワンタイムパスワードが導入。パスワードを生成するセキュリティトークンが販売開始され、購入者への特典にモグサッチェルが開放された。

2009年4月9日、追加シナリオ第1弾『石の見る夢～ ヴァナ・ディール最終頌 魂の返歌～』がプレイ可能に（販売開始は3月23日）。ある日、ジュノ上空に巨大なクリスタルの残響が出現し、ほどなくして各地で異変が起き始める。不思議な少年に言われ、各地に降った光の欠片を集めてクフィム島に行くと……？

Illustration: Katsuya Terada

2009年4月9日、連合軍戦績と交換で入手できる“赤ラベルの箱”、“青ラベルの箱”、“緑ラベルの箱”を使って挑戦可能なNM戦が追加された。戦闘はBFではなく、通常フィールドにおいてコンフロント形式で行われる。NM戦に勝利すると、経験値や素材、オーグメントアイテムを入手することができた。

2009年7月21日、追加シナリオ第2弾『戦慄！ モグ祭りの夜 ～ヴァナ・ディール史上最小の作戦』がプレイ可能に（販売開始は7月6日）。老朽化したモグハウスで、一滴の雨漏りから始まった怪現象の数々。それは恐ろしい悪夢の幕開けだった……。

Illustration: Jun Suemi

2009年7月21日、過去世界の新たなクエストとして「とある契約」が追加された。このクエストはピクシー族から依頼されるNMを倒すことで、ジョブごとの専用武器にランダムでオーグメント性能を付与できるというもの。ひとつの武器に対し、最大5回までNMに挑むことができる。

2009年11月10日、追加シナリオ第3弾『シャントット帝国の陰謀 ～ヴァナ・ディール史上最凶の作戦』がプレイ可能に（販売開始は10月26日）。行方不明になっていたシャントット博士が、シャントット帝国を築いて世界に宣戦布告。驚愕の真相は……？

Illustration: Fumio Minagawa

2009年12月8日のバージョンアップにて、街に設置された「錬成窯」を使ってアイテムを作る新たな合成「錬成」が登場。パーティで協力してアイテムを作成することも可能で、この錬成でしか作れないアイテムも多数存在する。また、この錬成によって「エヴォリス」を装備品に定着させ、任意の性能を付与することも可能になった。