2013年3月27日、拡張ディスク第5弾『アドゥリンの魔境』が発売された。新ジョブとして風水士と魔導剣士が追加。5年半ぶりの拡張ディスクで、PlayStation®2版は、本体生産終了後に発売された、最後の対応ソフトとなった。

2013年3月27日に実装された「ワイルドキーパー・レイヴ」は、魔境モンスターのボスである七支公と戦うバトルコンテンツ。バトルエリアに入場したプレイヤー全員で戦うことができる。七支公は生息エリアのコロナイズ・レートの影響で弱体できるが、あまり弱体されていない状態だと長期戦に。

2013年3月27日のバージョンアップにて、エリアごとに設定された目標の達成を目指す攻略型バトルコンテンツ「スカーム」が実装された。バトルフィールド入場用のだいじなものを作成する際、必要なパーツ（スタチューセグメント）のランクによって、制限時間やエリアの広さ、報酬の品質や数量を決められるのが特徴となっている。

2013年3月27日、アドゥリンエリアを中心にウェイポイントと呼ばれる転送装置が設置。開通済みならクリスタルでチャージできるポイントを使い、ワープができるようになった。

2013年4月30日のバージョンアップで、新コンテンツ「メナスインスペクター」が実装された。コンテンツの内容は、東ウルブカの地下空洞で多様なNMと連戦し、ボスモンスターの討伐を目指すというもの。一部のNMを地上に呼び出して撃破することで、地下空洞での該当NMとの戦闘を回避することもできる。

2013年7月9日、開拓者に対し個別に専用エリア・モグガーデンが与えられ、栽培、採集、釣りなどが行えるようになった。

2013年7月9日、レベル99用装備にアイテムレベル（ILv）の概念が導入。これはプレイヤーのレベルアップに代わるもので、ILvが高いものを装備するほど全体的なステータスがアップし、キャラクターを強化できる。2021年時点の最高アイテムレベルは119。

2013年7月9日のバージョンアップにて、片手武器と遠隔武器、格闘のステータス補正が調整された。これにより、片手武器と両手武器のステータス補正が同一となり、同等の装備なら命中や攻撃力に大きな差が開くことはなくなった。

2013年7月9日のバージョンアップでは、精霊魔法についての調整も行われ、敵とのINT差とダメージの関係、詠唱時間と再詠唱時間、消費MPが大幅に見直された。なかでも詠唱時間と再詠唱時間については、ランクの低い魔法の詠唱時間が連射可能になるほど短縮されたほか、同ランクの魔法はどの属性でも詠唱時間と再詠唱時間が同一になるよう調整された。

2013年7月11日、月ごとにログインポイントを貯めて、ポイント数に応じたインゲームアイテムと交換できるキャンペーンが初めて開催された。現在も続いており、報酬アイテムのラインナップは毎月変更されている。

2013年8月6日に実装されたモンストロス・プレッジ（通称：モンプレ）は、プレイヤーの魂をモンスターにジャンクションさせモンストロスとなり、レベルや蛮名値を上げていくコンテンツ。2013年11月には冒険者との交戦も可能に。

2013年9月11日、『ファイナルファンタジーXI』コンポーザーの水田直志氏と、ピアノ・シンセサイザー担当の伊賀拓郎氏、ヴァイオリンの岡部磨知氏の3人で結成されたバンド“Nanaa Mihgo's（ナナーミーゴス）”の初アルバムが発売された。

2013年11月5日、エンピリアンウェポンまたはコイン武器で発動できるウェポンスキルを、対応する武器以外でも使えるようにするクエスト「クポフリートの秘術」が追加。習得には対応する武器をメイジャンの試練で強化する必要があった。

2013年11月5日のバージョンアップにて、レベル99向けに調整された「上位印章BF」が実装された。これらは突入時に難易度を選ぶことができ、高難度ほど報酬の量などが増える仕組みになっている。勝利時のおもな報酬としては、アーティファクトの強化に必要なレム物語第一章～第五章などを入手可能。

2013年11月5日に、アーティファクトとレリック装束をアイテムレベル付きの上位装備へと打ち直すサブクエストが追加された。打ち直しは2段階あり、1段階目でILv109、2段階目でILv119にできる。

2013年11月5日、各ジョブにレベル96から使用可能な2番めのSPアビリティが追加された。

2013年11月5日、ヴァナ・ディールの最新情報を生配信する公式番組「もぎたて ヴァナ・ディール」（通称：もぎヴァナ）がスタート。毎回、松井プロデューサーと藤戸ディレクターが出演し、直近のバージョンアップなどの情報を紹介する。当初は月1回の放送だったが、現在は基本的に隔月1回の放送となっている。

2013年12月11日のバージョンアップでは、「上位印章BF」に続き、「上位ミッションBF」が追加。ミッションで立ちはだかった強敵に対し、レベル99向けに調整された状態で再び挑むことができる。挑戦するにはメリットポイントとの交換で入手する“ファントムクォーツ”が必要で、報酬としては装備品や、AFなどの強化に使うレム物語第六章～終章が入手可能。最初は「★アーク・ガーディアン」5種類と「★神威」が実装され、ほかの上位ミッションBFも以降のバージョンアップで順次実装されていった。

2013年12月11日のバージョンアップでは、ソロでもNPCとパーティが組めるフェイス、報酬も得られるチュートリアルとしてのエミネンス・レコード、ホームポイントワープが追加されたほか、移動速度引き上げ、広域スキャンが全ジョブで使用可能になるなど、さまざまな変更が行われた。

2013年12月11日に実装されたエミネンス・レコードでは、目標を達成するとエミネンスポイントが入手でき、さまざまなアイテムと交換可能。その交換品のラインナップとして、使うと戦闘スキルや魔法スキルが上がるスキルアップの書が実装された。その結果、戦闘で上げにくいガードスキルや強化魔法、召喚魔法、風水魔法などのスキルも最大まで上げやすくなった。