2011年3月11日、東日本大震災が発生。節電協力のために3月13日から3月25日までゲームサーバーを停止した。Crystaを利用した義援金募金受付が開始され、募金するとインゲームアイテムのグラトスキャップが粗品として贈られた。

2011年5月10日、4国とボスディン、ザルカバードのデュナミスが、非占有型に変更。ボスNMもトリガーポップに変更され、ソロや少人数でも遊べるようになった。また、ブブリム、クフィム、バルクルム、タブナジアのデュナミスも、2011年9月20日に、非占有型に変更された。

2011年5月10日、新たなバトルコンテンツとして「ヴォイドウォッチ」が実装。現代・過去のエリアに現れる“ヴォイドウォーカー”と呼ばれるモンスターを討伐することで、世界に起こり始めた謎に迫っていく。バトルはVoidwatch Officerから受け取れる「六芒星のジェイド」と「ヴォイドストーン」を使ってNMを出現させる形式で、ストーリーを進めるごとに対応するエリアが増えていき、パルスアームズと呼ばれる装備品などが報酬として得られる。また戦略上、ほかのコンテンツ以上にＮＭの弱点を突くことが重要となっている。

2011年5月10日、「フィールド・オブ・ヴァラー（FOV）」のダンジョン版である「グラウンド・オブ・ヴァラー（GOV）」が実装。各ダンジョンでは指定された敵を一定数倒すことで、経験値やギル、タブが入手できる。このGOVの実装とともに、対象のダンジョンのほとんどのモンスターは再出現時間が5分となった。また、対象ダンジョンにはTreasure Casketも実装。のちに拡張されたGOV対象エリアのTreasure Casketからは、合成スキルがアップするトルクなどが入手できる。

2011年5月10日、それまで撃破から21～24時間経過で出現していたFafnirなどのNMが、トリガーポップに変更。長時間の出現待ちや取り合いをしなくても、討伐可能になった。

2011年5月10日、人口調整のため、ワールド統合を実施。サービス開始当初から歴史を重ねていた一部のワールドが初めて統合され、全16ワールドになった。これ以降のワールド統合は現在行われていない。

【消滅したワールド → 統合先のワールド】Titan → Phoenix／Ramuh → Bahamut／Alexander → Shiva／Ifrit → Odin／Diabolos → Siren／Caitsith → Ragnarok／Unicorn → Fenrir／Gilgamesh → Carbuncle

2011年7月12日、有効なエリアすべてに発言が届くチャットモード「/yell（エール）」が追加。ただし、この時点で有効なエリアはル・ルデの庭、ジュノ上層、ジュノ下層、ジュノ港のみだった。

2011年9月20日、限界突破クエスト「東方の秘術！」が実装され、レベルキャップが95に。魔人印章1個以外の必要アイテムは、プレイヤーごとに違っていた。

2011年11月11日、東京・かつしかシンフォニーヒルズ モーツァルトホールにて『ファイナルファンタジーXI』のオーケストラコンサートが開催。指揮は円光寺雅彦氏、演奏は東京フィルハーモニー交響楽団、司会は加藤英美里氏。来場者特典は片手棍のマエストロタクトだった。

2011年12月15日、段階的に引き上げられてきたレベル上限が99に到達。以前は上限に到達すると避けられなかったアーリマン族の「レベル5石化」が脅威ではなくなった。限界突破のための最終クエスト「最後の試練！」では、主にパーティを組んでタルタル族のNPC・アトリトゥトリと戦うことになる。

2011年12月15日、メリットポイントを消費して習得するウェポンスキル“武神流秘奥義”が実装。当初はメリットポイントを1段階割り振ったものと、5段階割り振ったもので威力に大きな差があったが、現在その差はかなり小さくなっている。

2011年12月15日、デイリーポイントを消費し、ゴブリンの宝箱からランダムでアイテムを入手できる要素が追加。その後、設置場所や仕組みが若干変更された。