2012年2月14日、レベル99向けのバトルコンテンツとして、アサルトに「ナイズル島未開領域踏査指令」が実装。「ナイズル島踏査指令」とは異なり、最高踏査ブロックにかかわらず毎回1ブロック目から挑戦する形となっている。タイムアタック的な要素もあることから、移動時間を少しでも短縮しようと、多くのパウダーブーツを持ち込んで攻略する冒険者の姿も見られた。

2012年3月27日、ロランベリー耕地から入るバトルフィールドで、連続してさまざまなHNMと戦うバトルコンテンツ「レギオン」が実装された。戦闘準備が可能なロビーでは、バトル中のBGMの変更などが行えた。

2012年3月27日、新たな魔法として戦闘不能回復＆リレイズ効果の白魔法アレイズと、巨大な隕石を落としてダメージを与える黒魔法メテオが実装された。とくにメテオは非常に特殊な魔法となっており、「精霊の印」使用時のみ詠唱可能となっている。さらにパーティメンバー（2～6人）が短時間内に一緒にメテオを詠唱すると、人数が増えるほどダメージが飛躍的に伸びる特徴を持つ。

2012年3月27日のバージョンアップにて、合成スキルの上限が開放され、師範の上に高級職人が追加。スキルは110まで上げられるようになった。それにともない、合成ランクの返上が印可から高弟になり、印可（スキル70）まではほかのスキルを下げなくてもまんべんなく上げられるようになっている。

2012年4月1日にエイプリルフールネタとして、日本の公式サイトでエキストラジョブ・体操士が発表。掲載は1日だけだったが、SPアビリティ「あたりまえ体操」のモーション収録の様子が動画で公開されたほか、それ以外のアビリティの詳細も設定されていた。

2012年6月14日、レベル99向けのコンテンツとして、「エインヘリヤル」にオーディンの間-IIが、「リンバス」にはテメナス中央塔地下1階-II、テメナス中央塔4階-II、アポリオンCS-II、アポリオンCN-IIの4エリアが追加された。新たなリンバスの戦利品は、従来の報酬であったホマム装束やナシラ装束を強化できるだけではなく、新たな装束と交換することもできる。

2012年6月14日のバージョンアップにて、レベルキャップを55に引き上げるためのクエスト「限界への挑戦」の必要アイテムの入手条件が緩和された。それまで“古代魔法のパピルス”などのアイテムは該当モンスターを倒して手に入れる必要があったが、この緩和により、該当モンスターのいるエリアにある???を3カ所調べることでも入手できるようになっている。

2012年6月14日、自分がいるエリア以外のマップがいつでも見られるようになった。また、複数のマップがあるエリアはマップに番号が振られたため、ほかのプレイヤーにどのマップかを伝えやすくなった。なお地図を所持していないエリアのマップは見ることができない。

2012年6月14日、頭装備の表示・非表示を切り替えるテキストコマンド「/displayhead」が追加された。この表示切り替えは周囲のプレイヤーから見た外観にも反映される。

2012年6月23日・24日に、パシフィコ横浜にて『ファイナルファンタジーⅪ』10周年記念イベントを開催。『アドゥリンの魔境』の発売が発表された。イベントのラストでは田中弘道氏がプロデューサーを勇退することを発表した。

2012年7月24日、弱体魔法を繰り返し使用することで、相手の弱体魔法耐性を下げる新たな仕組み「レジストハック」が追加された。成功するとログに「レジストハック！」と表示され、相手の状態異常耐性が一段階下がる。なお、弱体魔法に対して完全耐性を持つ相手には効果がない。

2012年9月25日、新たなバトルコンテンツ「ミーブル・バローズ」が実装。地下洞窟でプログラムをこなしながら活動範囲を広げ、奥深くに潜む凶悪なモンスターを討伐することが目的となる。攻略内容は“グリモア”に記録され、プログラム（等級）に応じた強化が付与されるのが特徴。最短ルートでボスに挑むか、多くの強化を付与してから挑むかを、プレイスタイルに応じて選択することができる。

2012年9月25日のバージョンアップにて、プレイヤーキャラ同士の衝突判定が調整。30秒以上移動していないプレイヤーキャラ、およびヒーリングや「/sit」状態のプレイヤーキャラについては衝突判定がなくなった。

2012年9月25日、これまで“2時間アビ”と呼ばれることも多かった各ジョブのSPアビリティの再使用時間が、一律で1時間に変更された。その後2013年に追加された新SPアビリティについても再使用時間は1時間（旧SPアビリティとは個別）になっている。

2012年12月13日、「サルベージ」にレベル99向けの新たな遺構が実装された。追加されたのはゼオルム遺構-II、アラパゴ遺構-II、バフラウ遺構-II、銀海遺構-IIの4エリア。これらのエリアで得られた戦利品を使うことでアレスプレートアーマーなどの装備の強化が可能なほか、新たな装備が報酬として用意された。