2016年2月10日のバージョンアップにて、レリックウェポン、ミシックウェポン、エンピリアンウェポン、エルゴンウェポンをさらに強化するためのクエストが追加。NPCのOboroに対応するアイテムを1万個納品することで強化できる。強化後の遠隔武器からはエンチャントアイテムとして特別な矢弾が取り出せるようになるほか、レリックウェポンにアフターマスの効果が追加されるなどの変化がある。

2016年3月31日にPlayStation®2版とXbox 360版のサービスが終了。Windows版については変わらずサービスが続けられている。アカウントがあれば『ファイナルファンタジーXI』のWindows版ソフトは無料でダウンロードできるほか、14日間のフリートライアルもある。

2016年4月5日、バージョンアップごとに討伐対象や報酬が変化するバトルコンテンツ「アンバスケード」が実装。バトルエリアである“アブダルスの模型-レギオン”の入口はマウラに設置された。

2016年4月5日にマウント機能が追加。クエスト「ライドオン！」をクリアするとチョコボ以外の乗り物に騎乗できるように。呼び出し可能なエリアならどこでも騎乗でき、移動速度がアップ。現在までにさまざまな種類のマウントが追加されている。

2016年5月10日、ジョブマスターになったプレイヤーに向けたバトルコンテンツ「マスタートライアル」が追加。パーティを組んで挑戦できるが、パーティ全員のメインジョブがジョブマスターである必要がある。実装当初は1種類のBFだけだったが、2021年時点で4種類に増えている。

2016年5月10日のバージョンアップにて、一部の食事アイテムの効果がヘルプテキストに表示されるようになった。以降、その他の食事も段階的にヘルプテキストが追加され、効果が明確にわかるようになった。

2016年5月10日、各国の合成ギルド近くなどに、クリスタルを預かってくれるNPC・Ephemeral Moogleが登場。各属性のクリスタルを5,000個まで預けることができる。

2016年6月7日、『アドゥリンの魔境』のストーリーの後日談として、エミネンス・レコードクエスト「ユグナス調査指令1」が実装される。このクエストを開始するには、『アドゥリンの魔境』のストーリーのコンプリートのほかに、アドゥリンクエストをほぼ網羅したときに得られる「黄金スコップ勲章」が必要。なおクエストの続きは順次実装されていき、最後の「アシェラ激励指令」までコンプリートするとユグナスのフェイスが入手できる。

2016年6月7日、「チョコボの穴堀り」においてエリアの埋蔵量による制限が撤廃されたほか、新たなアイテムを入手できるようになるなどの調整が加えられた。また、パラメータに応じてマイチョコボが特殊な効果を発揮するといった新要素も。さらに、これまでチョコボが乗れなかった一部エリアもマウントに対応し、マウントとしてマイチョコボを呼び出せば「チョコボの穴堀り」が可能となった。

2016年8月3日、shoutの拡張版ともいえるチャットモード「/yell（エール）」の対象エリアが拡大され、現代の街なら辺境に至るまで、どのエリアでも届くようになった。

2016年12月13日、『ヴァナ・ディールの星唄』をコンプリートした冒険者向けのバトルコンテンツとして「オーメン」が追加。“醴泉島-秘境”という専用エリアで行われ、18人まで挑戦でき、アーティファクトILv119をさらに強化できる。

2016年12月13日、ILv119になったアーティファクトを、さらに2段階強化できるようになった。命中や魔命などが大幅に強化されたものが多く、2017年3月にはコンビネーション効果も追加されている。強化にはオーメンで入手できるジョブカードや小札などが必要。