2006年2月21日のバージョンアップにて、“新デュナミス”の最終エリアとなる、デュナミス-タブナジアが実装。ここではデュナミス-ボスディンとデュナミス-ザルカバードで入手できるレリック装束や、レリック装束の強化素材などのほか、ハイドラハーネスなどの通称・ハイドラ装備を入手することができた。

2006年2月21日、6属性の召喚獣＋カーバンクルと戦う高難度クエスト「神在月」が実装。クエスト受注後は、各地で召喚獣＆エレメンタル族と戦って6つのだいじなものを入手したのち、満月の泉のBF戦（18人制限）でカーバンクルと戦うことになる。 カーバンクルはHPが減るとほかの召喚獣を呼び出したり、分身して「シアリングライト」を使うなどかなりの強敵で、当時はフルアライアンスでも苦戦することが多かった。

2006年2月21日、コンフリクト（PvPコンテンツ）第2弾として、バストゥーク式の「ブレンナー」が実装。ルールは相手チームのFlammen-Brennerを攻撃してフランメ（炎）を奪い、自軍のFlammen-Brennerに点火するというもの。そして試合終了時により多くのフランメを持っているチームが勝利となる。ジュノからワープできる「アブダルスの島-プルゴノルゴ」が会場となるため、バリスタよりも参加がスムーズになった。

2006年3月9～11日、アメリカ、カリフォルニア州サンタモニカで、公式イベント「FINALFANTASY XI Fan Festival」が開催。これまで日本で開催された『ファイナルファンタジーXI』のイベントは出版社主催だったため、初の『ファイナルファンタジーXI』単独の公式イベントとなった。

2006年4月20日、第3の拡張ディスク『アトルガンの秘宝』発売。新たなエキストラジョブとして青魔道士、コルセア、からくり士が追加。エラジア大陸にあるアトルガン皇国とその周辺エリアが開放され、冒険者たちは皇国の傭兵となった。

2006年4月20日、パーティごとにレイヤーエリアで作戦を遂行するコンテンツ・アサルトが実装。作戦を遂行することで傭兵階級を上げることができ、さらに新たな作戦に挑むことが可能。作戦はバトルだけでなく、岩の破壊、NPCの救出、アプカルの捕獲などさまざまな内容となっている。

2006年4月20日、『アトルガンの秘宝』で新たに追加されたストレージのモグロッカーは、利用に維持費がかかる仕組みで、アトルガン青銅貨を納める必要があった。

2006年4月20日、Xbox 360版『ファイナルファンタジーXI』が正式サービス開始。それに先駆け、Xbox 360本体の発売記念パックには『ファイナルファンタジーXI』のβテスト参加権が付属し、2005年12月10日～2006年4月3日にβテストが行われた。βテストのデータは正式サービスに引き継ぐことができた。

2006年7月25日、皇国軍戦績と交換で入手できる“皇国軍・白の書”と“皇国軍・黒の書”を使って参加するBF戦が追加。戦利品としてリーチシミターやクロマ鉄鉱などが入手できた。

2006年7月25日、新リージョンとしてアルザダール文明遺跡群が実装され、リージョン内の新エリアとしてアルザダール海底遺跡群が追加された。このエリアを経由することでさまざまな場所に移動できるようになり、メリットポイント稼ぎの狩り場へのアクセスとして利用されることとなる。またアルザダール文明遺跡群内のコンテンツとしては、のちにサルベージやアサルト「ナイズル島踏査指令」が追加された。

2006年7月25日のバージョンアップにて、青魔道士、コルセア、からくり士のアーティファクトが実装。クエストで入手できるのは5部位中2部位で、残りの3部位はこれまでのジョブのようにTreasure Cofferを開ける形ではなく、特定のNPCに材料アイテムを渡して作成してもらう形となった。

2006年7月25日、青魔道士、コルセア、からくり士に、レベルキャップを75まで引き上げる限界突破クエストが実装された。BF戦で戦う相手は従来のジョブのようなMaatとの戦いではなく、各ジョブにゆかりのあるNPCとの戦いとなっている。なお、すでに他ジョブで限界突破済みの場合は、この新クエストをクリアしなくても３つのジョブをレベル75にすることが可能。

2006年7月25日、『アトルガンの秘宝』で追加されたエリアにHydra、KhimairaなどのHNMが登場。それと同時に、マムージャ蕃国軍、トロール傭兵団、死者の軍団にも、それぞれ大ボスとも言えるNMが追加された。

2006年7月25日のバージョンアップにて、メリットポイントのジョブ別カテゴリーに「グループ2」が導入され、メリットポイントを消費することで新たなアビリティや魔法、ジョブ特性を習得できるようになった。ポイントをまんべんなく振り分けてすべての能力を習得したり、特定のアビリティや魔法のみを集中して強化するなど、メリットポイントの振り分け方にはプレイヤーごとの個性が表れた。

2006年7月25日、多人数が魔法で集中的に攻撃する戦術が強力すぎたことから、計り知れない強さのモンスターに限り、魔法ダメージを連続で与えるとダメージが減少する特性が導入された。

2006年8月22日、チョコボを卵から孵化させて育成するシステムが実装。黄色以外の赤、緑、青、黒のチョコボにしたり、アビリティを習得させたりできた。

2006年9月22～24日に開催された、東京ゲームショウ2006のスクウェア・エニックスブースにて「ヴァナ★フェス 2006」が開催。スペシャルBFの「ヒロインズコンバット」と「雲霞の如し」に挑戦できたほか、ステージイベントが催された。

2006年10月19日、アラパゴ暗礁域にある難破船・アシュタリフ号を舞台にしたBF戦が3種類実装された。これらのBF戦では単に敵を倒すだけではなく、「NPCを護衛する」「敵に気づかれずに奇襲する」などの特殊な条件を満たすことで、戦利品の宝箱の数が異なってくる。なかでも比較的難易度が低めとされる「アシュタリフ号船長暗殺指令」には多くの冒険者が挑戦した。

2006年10月、RMT（リアルマネートレード）に関する行為や外部プログラム使用を取り締まるために、調査と処分に当たる専任チーム、スペシャルタスクチーム（のちにスペシャルタスクフォースに変更）が発足し活動を開始した。

2006年12月19日、チョコボの宝探しが実装。マイチョコボを登録すると1日1回、廐舎でタンジャナの野草をもらって宝探しに挑戦できるようになった。

2006年12月19日に実装された「サルベージ」は、アライアンスで挑戦するバトルコンテンツ。入場時に行動やステータスに制限がかかり、それらを解除しながら遺構の奥へと進んでいくが、武器や防具の装備も制限されるため、スタート時は全員裸の状態となった。

2006年12月19日、冒険者のあいだで非常に人気が高い片手棍・クラーケンクラブが、取り合いの激化などに伴いLord of Onzozoの戦利品から除外。 翌日12月20日に、印章BF「南海の魔神」の戦利品となった。またLord of Onzozoの戦利品としては、2007年3月8日にオクターブクラブが追加された。